2012年3月17日，在兰州召开的中国敦煌石窟保护研究基金会第三届理事会第五次全体会议上，纪新民当选为中国敦煌石窟保护研究基金会新任理事长。

    根据国务院颁布的《基金会管理条例》和《中国敦煌石窟保护研究基金会章程》，现任理事长李最雄因年龄原因提出辞去理事长职务，2011年10月21日，基金会向国家文物局呈报了《关于推荐纪新民同志担任中国敦煌石窟保护研究基金会理事长的请示》，同年11月28日，国家文物局批复（文物人函[2011]1871号），经国家文物局党组研究决定，同意由纪新民担任中国敦煌石窟保护研究基金会理事长。
    2012年3月17日，在基金会第三届理事会第五次全体会议上进行了选举工作。受国家文物局委托，国家文物局人事司王大民处长主持了新一任理事长的选举。宣布《中国敦煌石窟保护研究基金会理事长选举办法》，介绍候选人产生过程及候选人情况。经到会理事以无记名投票方式投票，选举纪新民为中国敦煌石窟保护研究基金会第三届理事会新任理事长。
    目前，基金会按已规定完成了在民政部和国家文物局的备案工作。